水生态修复评价标准和综合评级办法的制定，建议由生态环境部牵头，组织中国科学院相关研究所、中国环境科学院、中国水利水电科学院以及高校的科研力量研究制定标准。在水体植被盖度、浮游植物和微生物群落、水中和底栖动物组成等方面，基于生物调查、遥感、DNA监测等技术手段，凝练出易监测、可考核的核心指标;与水质指标协同运用，设定生态评价指标应用范围和综合评级办法。评级不是依据各单项指标的简单递减、递增或赋分加权，而是依据水体演变规律，以及地域和水体生态类型对水质和生态指标进行综合评价。可考虑运用智能数据处理技术。
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