为了改善河流的水文状况，不仅需要恢复水量，而且需要恢复自然水文过程。
由于人类社会对水资源的开发利用，在大规模开发之前试图恢复水文状况是不现实的，只能实现部分恢复。
通过自己制定工作环境水流标准，优化资源配置水资源，合理设计安排企业生产、生活和生态农业用水，以满足社会生态用水需求。另外，通过分析模拟研究自然水文过程，改善大坝电站的调度方式，以适应经济鱼类和其它水生生物的繁殖生长需求。
在恢复江湖地貌空间非均质性方面，恢复河流的蜿蜒，重建深池-滩序列;河流断面地貌单元多样性的恢复包括河道断面几何不对称形态的恢复、河岸带和河漫滩植被恢复和重建。 清理洪水通道，恢复洪泛区的各种地貌单元，包括洼地、沼泽、湿地、旧道路和牛轭湖。
在恢复河湖水系三维连通性方面，通过工程措施和调度措施，促进上游或下游连通性、地表水和地下水连通性、河道和泛滥平原连通性、河湖连通性和水网连通性。
在适宜生物生存的水体理化特性范围方面，重点是通过源头控制、污染控制、水库调节、曝气、河岸遮阳等措施，使水温、溶解氧、营养盐等水质指标满足原生物种的需要。
恢复中国生物群落多样性和物种多样性，重点是恢复濒危、珍稀和特有生物物种之间以及环境保护和恢复一个重要影响生物教学资源。此外，还应不断加强土著物种的保护，防止学生生物入侵。同时，还应通过创造生活条件，完善“二链并一网”的河湖食物网结构。
如果忽视生态完整性恢复，只恢复单一的生态要素(如确保生态基流)，往往难以实现恢复目标。 另一方面，对于一个具体的项目来说，江湖生态系统的整体恢复不等于所有生态要素的综合恢复，而应以水生生态系统的综合评价和健康诊断为基础。 识别生态系统的主要问题，并采取措施恢复关键生态要素。
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