在养殖中水环境的污染越来越严重，特别是中后期的池塘，中后期对虾摄食量大，池塘溶解氧量低，饲料中高蛋白的残饵、消化不彻底的虾便、死藻等有机质，不能完全被微生物分解供藻类吸收，所以起不到净化水质的作用。这样水体的污染能力就会远远大于水体中藻相和菌相的净化能力，加速水质的败坏!
在这里要强调微生物-菌相的作用，养殖过程中，尤其是中后期，很多养殖户都忽略微生物的作用，错误的认为水质的净化有藻相就可以满足了，其实不然。残饵、虾便、死藻等有机质中的氮元素、磷元素都是藻类生长的营养，但这种营养基本上都是大分子有机质POM(颗粒有机物)，在没有微生物将其分解成小分子有机质DOM(水体溶解性有机物)的前提下，藻类就无法进行吸收利用，那么藻类净化水质的能力就会下降，起不到真正的效果。
尤其是在养殖的中后期，水体中微生物量不足，会影响水体中藻相的净化能力。这个时候通过人工补充微生物，来修复水环境才能达到水环境的稳定。所以为了减少底质污染，养虾以修复水环境为基础。 只要水环境稳定，塘底污染的有机质都能被藻类净化掉，那样就不必担心因底质污染而影响水质。
人工补充微生物是水环境修复狭义的一面，其实，水环境修复概念很广义。所谓的水环境修复是指，在恶劣天气因素(台风、暴雨、冷空气、换季、阴雨天气等)、人为因素(用药不合理、投料不合理、进水过量等)和生物因素(菌相、藻相不平衡、有害病菌占优势群体等)的影响下造成的水质环境变化，从而破坏了水环境的生态平衡。通过其改变或调控这些因素来进行水环境的修复，以达到稳定的生态环境。水环境修复是底质调控的一个重要的出发点。修复水环境，首先就要从这些影响因素出发!
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