水生植物在水生态修复中的作用方式主要包括物理作用、吸收作用、协同作用和化感作用。
1.1 物理作用
水生植物群落的生长状况是水生态环境生物地球化学良性循环的物质基础，也是水生态系统中重要的去污机制之一。水生植物可以降低土壤或水体表面的风速，有助于悬浮固体沉淀;一些大型水生植物发达的根系使植物有较大的水体接触面积，促使水体中的不溶性胶体被吸附沉降。此外，水生植物还可以为微生物及其他生物提供栖息地，有利于水生态系统健康。
1.2 吸收作用
水生植物可以吸收富营养化水域中的氮、磷，以供其生长发育，再通过植物收割去除，而使水体中氮磷物质降低。另外，水生植物可以通过根部呼吸将氧释放到沉积物中，影响沉积物的化学特性，促进植物对矿物质元素的吸收，减少沉积物中矿物质元素上翻，从而提高水体质量。
1.3 协同作用
水生植物群落为微生物提供了附着基质和栖息场所，有助于微生物对污染水体中有机营养物质的降解。植物根系分泌促进嗜磷、氮细菌生长的物质，可以间接提高水体净化率。此外，水生植物生长可以有效增加空间生态位，增加水生态系统中的生物多样性，进而提高水生植物之间的协同性和水生态修复的效果。多种植物协同作用还可以增加水生态系统的物种多样性和长期稳定性。
1.4 化感作用
高等水生植物对藻类的克制作用，一方面体现在与藻类之间对矿物质营养的竞争，另一方面是水生植物向环境中释放化感物质抑制藻类生长。其中，化感作用相较于竞争作用，是更主要的一种高等植物对藻类克制作用的机制。化感作用，指植物通过向环境释放特定的次生物质从而对邻近其它植物(含微生物及其自身)生长发育产生的有益和有害的影响。
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