水体富营养化是当前全球面临的主要水污染问题。随着工业发展和城市化进程的加速，以及养殖业迅猛发展，湖泊水体富营养化问题日趋明显，甚至严重影响水环境和水体质量，导致湖泊自然调节功能衰退和系统失衡。浮游植物是生活在河流、湖泊和海洋中的敏感的有机体，其群落结构一定程度上可以反映水体富营养化的程度，因此可以作为水体生态环境质量的指示生物。
与传统的水质监测相比，浮游藻类监测具有直观客观、综合和历史追溯性的特点，其结果更能综合、准确地反映水环境质量状况和水生态系统本身的健康水平，也可评价水体污染毒性及其对水质和人类健康的潜在影响。因此，藻类监测是水质监测的重要指标之一。
浮游藻类的监测方法主要包括藻细胞密度测定、浮游藻类种属类别鉴定识别、叶绿素法、黑白瓶法和水体pH值法等多种监测方法。
藻类密度的测定
细胞计数法
作为一种经典的藻类数量测定的基本方法，细胞计数法主要是利用透镜放大及成像技术进行藻体个数观测，利用计数框直接计数对原水中藻类的数量进行监测。即通过一定体积的样本固化后，再经计数换算而来。细胞计数法是一种常用的微生物计数法，水体受藻类污染实际状况可通过主观数据反映出来，并且检测结果较为准确。
库尔特法
悬浮在电解液中的颗粒随电解液通过小孔管时，因颗粒取代相同体积的电解液，在恒电流设计的电路中导致小孔管内外两电极间电阻发生瞬时变化，产生电位脉冲。脉冲信号的大小和次数与颗粒的大小和数目成正比。因此，库尔特颗粒计数仪能够对单个流过孔口的颗粒进行测量，精确统计岀所测颗粒的个数，实现真正意义上的计数统计。库尔特法可以规避由于细胞几何形状的不规则带来的测量误差，对于测量浮游藻类粒径有明显的优势。这种方法可以方便、快速地测量浮游藻类的粒径分布和细胞个数，其缺点是不能进行种类鉴定。
浮游藻类种属鉴别
藻类种属鉴别时，首先区分藻类与其他杂质和动物。藻类由细胞构成，藻类细胞一般都是具有一定的色素质或色素体并具有细胞壁的(裸藻除外)有生命的植物体。然后通过抓住藻类的分门特征中有关藻类外形与细胞构造、细胞色素等特点来判断属于何门藻类。最后通过分属分种特征有关藻体外形与细胞色素、内含物、构造等特点来鉴定种属。
由于藻类是种类数量庞大的微生物，仅有记录的淡水藻类就有近5000种，还不包括逐年变异产生的新种。所有这些藻类的分类特征都要求技术人员通过大脑记忆，然后进行镜检辨认。因此对藻类的种属类别鉴定需要技术人员长期从事相关工作，并且需要大量工作经验的积累与总结。而且涉及到将藻类分到“种”等级的书刊繁多，即使是专业分类学者也不能对所有的门类样样精通，因此藻类的种属鉴别工作对技术人员专业知识要求较高。
黑白瓶测氧法
植物通过光合作用，将太阳能转化为生物能，吸收二氧化碳，转化为有机碳并释放出氧气的过程，称为初级生产。通过比较 段时间内有无光照的条件下，水中氧气浓度的差别，可计算出植物光合作用形成的初级生产量。
黑白瓶法优点在于对流水系统、河口湾和污水系统都特别适用，尤其适宜于富营养化水域，其方法十分简单，操作简便。黑白瓶法的缺点主要有是其基本假设条件是植物呼吸作用在黑瓶中和白瓶中是一样的，这一点对于某些种类的植物来说和对于短时间的实验来说是可以成立的，但也有很多种类的植物在黑暗条件下常表现出不同的呼吸率。另外贫营养型水体浮游植物含量低，或当水被污染或含有高浓度的细菌时，此法比较不敏感。
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