水中建湿地河流、湖泊中的湿地，是修复水生态系统的一项重要手段，也可以称土壤生物工程，国内外有些中、小城市甚至用来处理城市的生活污水。河道与湖泊的治理中，在基本不影响行洪和槽蓄功能的前提下，应尽可能保留和建设一些湿地，一切都要因地制宜。另外，湿地也是水景观中不可多得的重要一笔，它充满了野趣、野味和自然气息，是人们回归自然的一种象征。
水面养萍草水面上的植物有两种，一种是根在水里的浮水植物，它们是水葫芦、水葫狸等;另一种是根在河、湖底泥里的浮叶植物，它们是荷花、水鳖等。
水下种水草实践证明，水草茂盛的水体，往往水质很好，而且与众不同的是清澈见底。人工种植水草，也是修复河道、湖泊水生态系统的重要一环。
水里养鱼虾在放养鱼虾时，要注意食草性、食杂性、食肉性之间的搭配。鱼虾在水里自由洄游，在水面泛起阵阵涟漪，使河道、湖泊显得生机蓬勃。
水底爬螺蚌螺蚌等贝壳类动物和大量的底栖动物，在水底形成了另一个世界，它们是名副其实的水底清道夫，其作用不可小看。
曝氧放细菌人们肉眼看不到的细菌、真菌、放线菌、土壤原生动物等生物种群的生存和繁衍，无时不刻地将水中的有机物质分解成无机物质和水，它们需要充足的氧气，所以，应尽量用各种方法和手段进行曝氧，通过增加水体中氧气的方法来促使好氧细菌的生长繁殖，以达到增强和加快分解水中有机污染物的目的。
管理经常化修复水生态系统，就是要通过人的努力，连接河道、湖泊中产生者-消费者-还原者的生物链，并积极地、经常不断地进行必要的干预，促使其达到平衡。
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